截至我知识的更新日期（2023年6月），我没有找到确切的官方声明表明国务院已经正式批复了南京市国土空间总体规划（2021—2035年）。然而，这并不意味着该规划没有得到批准或者正在审批过程中，因为政府决策和文件公布有时会有一定的滞后性。
为了更好地理解这个话题，我们需要回顾一下国土空间总体规划和审批流程的一些基本知识。国土空间规划是为了实现区域发展目标而制定的综合性的土地使用规划，它涉及人口分布、经济发展、环境保护等多个方面。这些规划通常包括城市总体规划、土地利用规划以及相关专项规划等。
在中国的行政体系中，省级及以下城市的国土空间总体规划需要经过中央政府的审批才能生效。具体来说，这个过程可能包括以下几个步骤：
- 编制阶段：地方政府组织专家团队对规划进行研究和制定，确保其符合国家的发展战略和要求。
- 征求意见：规划草案形成后，会广泛征求社会各界的意见和建议，以便进一步修改和完善。
- 审查程序：规划将提交给上一级政府部门进行初步审查，然后可能会被转送到更高一级的部门进行最终审批。
- 正式批复：如果所有审核都通过，国务院将会发布正式的批复文件，确认规划的有效性和执行要求。
由于信息的不对称和时间差，公众可能不会立即得知国务院对于某个特定城市规划的批复情况。因此，在没有明确公告的情况下，我们不能确定南京市国土空间总体规划（2021—2035年）是否已经得到了国务院的正式批复。如果有新的进展或消息，可以通过当地政府和相关部门的官方渠道来获取最新的信息。